Congés maladie : vers un alignement progressif des règles du privé et de la Fonction Publique ?

Les règles applicables aux arrêts maladie sont en train d’évoluer. Ce qui pouvait apparaître, il y a encore quelques semaines, comme une réforme limitée aux assurés du régime général de la Sécurité sociale et aux agents contractuels de la fonction publique pourrait en réalité annoncer un mouvement plus large.

Après la publication de deux décrets concernant les arrêts de travail et l’indemnisation des accidents du travail et maladies professionnelles, un nouveau projet de décret examiné au Conseil Commun de la Fonction Fublique (CCFP) prévoit désormais d’adapter certaines de ces dispositions aux fonctionnaires.

Pour l’UNSA Territoriaux, cette évolution soulève une question de fond : assiste-t-on à un rapprochement progressif entre les règles applicables dans le secteur privé et celles de la Fonction Publique ?

Une première étape déjà engagée pour les agents contractuels

Depuis le 13 juin 2026, deux décrets publiés au Journal officiel ont modifié les règles applicables aux assurés relevant du régime général de la Sécurité sociale.

À compter du 1er septembre 2026, sauf justification médicale particulière du prescripteur :

• une prescription initiale d’arrêt maladie ne pourra pas dépasser 31 jours ;
• une prolongation ne pourra pas dépasser 62 jours.

Par ailleurs, à compter du 1er janvier 2027, la durée maximale de versement des indemnités journalières en cas d’accident du travail ou de maladie professionnelle sera limitée à quatre ans, sous certaines conditions. Ces mesures concernent directement les agents contractuels territoriaux. Affiliés au régime général pour leur protection sociale, ils sont les premiers agents publics impactés par cette réforme.

Sur le fond, les droits à indemnisation ne sont pas supprimés. Les plafonds globaux de prise en charge demeurent inchangés et les renouvellements restent possibles. En revanche, les prescriptions seront davantage encadrées, avec des conséquences concrètes : multiplication des renouvellements, formalités administratives supplémentaires et risque accru de rupture dans le suivi des dossiers.

Désormais, le Gouvernement vise aussi les fonctionnaires

Le sujet aurait pu s’arrêter là. Pourtant, quelques jours seulement après la publication de ces décrets, un nouveau texte a été présenté aux organisations syndicales lors du CCFP. Ce projet de décret adapte plusieurs dispositions relatives aux congés pour raison de santé dans la Fonction Publique.

Il prévoit notamment d’intégrer les nouvelles règles issues du Code de la Sécurité sociale dans certaines procédures applicables aux fonctionnaires, notamment pour les congés de maladie ordinaire, les congés de longue maladie ou les congés de longue durée. Le texte comporte également d’autres mesures contestées :

• allongement des délais avant l’accès à certains temps partiels thérapeutiques ;
• renforcement des contrôles médicaux ;
• nouvelles procédures de vérification administrative ;
• restriction des activités autorisées pendant un arrêt maladie.

Pour l’ensemble des organisations syndicales représentées au CCFP, ces dispositions constituent une évolution majeure. Le projet a d’ailleurs fait l’objet d’un vote unanimement défavorable des organisations syndicales.

Une logique de transposition du privé vers le public ?

Au-delà des mesures techniques, c’est la philosophie générale de la réforme qui interroge. Depuis plusieurs années, les contractuels territoriaux sont déjà soumis à de nombreuses règles issues du régime général de la Sécurité sociale. Cette situation découle de leur statut et de leur mode d’affiliation. Mais avec ce nouveau projet de décret, le Gouvernement franchit une étape supplémentaire en intégrant progressivement certaines règles du régime général dans les dispositifs statutaires applicables aux fonctionnaires.

La Fonction Publique repose sur des garanties spécifiques construites pour tenir compte de la nature des missions exercées, des obligations de service public et du statut des agents. Les règles applicables aux congés pour raison de santé ne peuvent être modifiées sans mesurer pleinement leurs conséquences sur les personnels concernés. Si les situations du secteur privé et de la Fonction Publique peuvent parfois se rapprocher, elles ne sont pas pour autant identiques.

Le risque d’une logique davantage tournée vers le contrôle que vers la prévention

L’un des points les plus préoccupants réside dans l’approche retenue par le Gouvernement. Alors que les employeurs publics rencontrent des difficultés croissantes de recrutement, que les équipes sont souvent confrontées à des sous-effectifs durables et que les conditions de travail se dégradent dans de nombreux services, la réponse apportée semble principalement centrée sur le contrôle des arrêts de travail.

Pour l’UNSA Territoriaux, la prévention de l’usure professionnelle, l’amélioration des conditions de travail, l’accompagnement des agents fragilisés ou encore le développement du maintien dans l’emploi devraient constituer les véritables priorités. Le temps partiel thérapeutique, par exemple, permet souvent d’éviter une dégradation de l’état de santé et de prévenir des arrêts de longue durée. Restreindre son accès apparaît difficilement compatible avec l’objectif affiché de maintien dans l’emploi.

Des conséquences à suivre de près dans les collectivités

À ce stade, certaines dispositions doivent encore être examinées et pourraient évoluer avant leur entrée en vigueur. Mais une tendance se dessine clairement : les règles relatives aux congés pour raison de santé connaissent actuellement une transformation profonde qui concerne déjà les agents contractuels et qui pourrait désormais toucher plus largement les fonctionnaires.

Pour l’UNSA Territoriaux, il est indispensable que ces évolutions fassent l’objet d’un véritable dialogue social et d’une concertation approfondie avec les représentants des agents. La lutte contre les abus ne peut devenir l’unique réponse aux difficultés rencontrées par les employeurs publics. Derrière chaque arrêt maladie se trouvent des femmes et des hommes confrontés à des situations de santé parfois complexes, à des conditions de travail dégradées ou à des parcours professionnels fragilisés.

L’UNSA Territoriaux continuera à suivre attentivement l’évolution de ces textes et à défendre une approche équilibrée, respectueuse des droits des agents et des garanties statutaires qui fondent la fonction publique territoriale.