Indemnisation des congés non pris : une avancée majeure pour les agents

Un nouveau décret et son arrêté d'application viennent formaliser le droit à l’indemnisation des congés annuels non pris pour raisons de santé ou assimilées, en cas de cessation définitive de fonctions. Cette mesure, attendue de longue date, aligne enfin la situation des agents publics sur les exigences du droit européen.

Un principe remis en cause par le droit européen

Jusqu'à récemment, les agents publics ne pouvaient prétendre à aucune compensation financière pour leurs congés annuels non utilisés. Le principe dominant était simple : les congés sont faits pour être pris, non pour être indemnisés. Toutefois, la jurisprudence européenne a progressivement infléchi cette position, ouvrant la voie à une reconnaissance plus large des droits des agents.

La directive européenne 2003/88/CE (lien) consacre le droit de chaque travailleur à un congé annuel payé d’au moins quatre semaines. Si un agent est dans l’impossibilité de prendre ses congés pour des raisons indépendantes de sa volonté — comme une maladie — ou si la relation de travail prend fin, il peut désormais bénéficier d’une indemnité compensatrice. Ce droit résulte de plusieurs décisions de la Cour de justice de l’Union européenne, désormais intégrées au droit français.

Indemnisation : quelles conditions ?

Ce nouveau droit reste strictement encadré. L’indemnisation ne s’applique que dans deux cas précis :

• lorsque les congés n’ont pas pu être pris en raison d’un empêchement réel (raison de santé, responsabilités parentales ou familiales, etc)
• et uniquement si la cessation des fonctions est définitive

La compensation ne concerne que les congés accumulés dans la limite de 15 mois, et dans la limite de 20 jours ouvrés par an, correspondant au minimum garanti par la directive européenne.

Et les jours placés sur un CET ?

Les jours épargnés sur un compte épargne-temps (CET) peuvent également être indemnisés, sous réserve que la collectivité ait prévu cette possibilité par délibération. Depuis le 1er janvier 2024, les montants bruts versés par jour sont les suivants :

• 150 euros pour les agents de catégorie A ou assimilés
• 100 euros pour les agents de catégorie B
• 83 euros pour les agents de catégorie C

Ces montants ne s’appliquent qu’aux jours placés sur le CET au-delà du 15ème jour.

Modalités de calcul et procédure

L’indemnité est calculée sur la base de la rémunération brute annuelle (traitement indiciaire + primes), divisée par 220 jours ouvrés pour un temps plein, puis multipliée par le nombre de jours indemnisables. Elle est soumise aux cotisations sociales et à l’impôt sur le revenu.

L’agent doit adresser une demande écrite à son service des ressources humaines, accompagnée des pièces justificatives (arrêts de travail, correspondances, etc.). L’administration a un délai de deux mois pour répondre. En cas de refus, un recours administratif ou contentieux est possible, c'est pourquoi il est recommandé de conserver tous les éléments utiles à la demande.

L’UNSA Territoriaux à vos côtés

Cette mesure, que l’UNSA Territoriaux revendique de longue date, constitue une avancée notable. Elle permet une meilleure prise en compte des situations personnelles empêchant la prise de congés et rapproche les droits des agents publics de ceux du secteur privé, dans le respect des spécificités du service public.

Lien : 

• Décret n° 2025-564 du 21 juin 2025 relatif aux régimes dérogatoires de report et d'indemnisation des droits à congé annuel dans la fonction publique
• Arrêté du 21 juin 2025 relatif aux modalités d'assiette et de calcul de l'indemnité compensatrice pour congé annuel non pris en fin de relation de travail dans la fonction publique territoriale